La comisión de depósito es la comisión que cobra la entidad depositaria por su labor. Al igual que la comisión de gestión se expresa como un porcentaje anual sobre el patrimonio del fondo aunque se descuenta diariamente del valor liquidativo. Legalmente no puede superar el 0,2% anual sobre el patrimonio efectivo en el caso de los FIM y el 0,15% anual sobre el patrimonio custodiado en el caso de los FIAMM.